Windowsでは画面右下に表示されるバルーン通知やトースト通知を無効化する手段として、グループポリシー等で「バルーン通知をオフにする」や「トースト通知をオフにする」等の設定が準備されているが、「セキュリティセンターが無効になっています」といった重要な通知は非表示になりません。
これを非表示にする場合、グループポリシーではなく、レジストリを直接編集することになります。

対象となるレジストリキーはHKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Notifications\Settings、レジストリ値の名前はNOC_GLOBAL_SETTING_TOASTS_ENABLEDになります。
データ型はREG_DWORDですね。
レジストリエディタで作業しても構いませんし、コマンドで実行するなら、下記にような感じです。

REG ADD "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Notifications\Settings" /v NOC_GLOBAL_SETTING_TOASTS_ENABLED /t REG_DWORD /d 0

設定が完了したらシステムを再起動して終了です。